主要存在于肠肝循环系统并通过再循环起一定的保护作用，只有一少部分胆汁酸进入外围循环。促进胆汁酸肠肝循环的动力是肝细胞的转运系统——吸收胆汁酸并将其分泌入胆汁、缩胆囊素诱导的胆囊收缩、小肠的推进蠕动，回肠黏膜的主动运输及血液向门静脉的流入。
胆汁酸对肠道健康的好处：
一、「胆汁酸」做为肠粘膜化学屏障：
1、具有清除内毒素的功能
①胆汁酸在体外对内毒素脂多糖具有直接作用，可改变大肠杆菌内毒素，将内毒素分解成无毒性的亚单位或形成微聚物，防止毒素及有害物质的吸收，在肠道内起到清洁作用
②胆汁酸可通过与内毒素的结合而阻止其从肠道吸收入门静脉。
2、保护肠粘膜的机械屏障
胆汁酸对肠粘膜营养作用的缺失，导致肠粘膜厚度、绒毛的密度显着减少，肠粘膜细胞有丝分裂减少，增生受到抑制，粘膜上皮细胞的紧密连接蛋白断裂。
3、调节免疫屏障
胆汁酸的缺少，导致肠粘膜B淋巴细胞凋亡基因 Fas 表达增加：下调(CD4+T和CD8+T)淋巴细胞和细胞黏附因子-1在粘膜固有层（基膜）的表达，影响淋巴细胞的归巢现象，导致由胆汁进入肠道的 lgA 减少，资料报道：肠道内的 slgA 水平下降 90%。
二、「胆汁酸」在肠道内的抗菌抑菌作用：
1.鹅脱氧胆酸（CDCA）对金黄色葡萄球菌具有明显的抑制作用；
2.牛磺酸结合的胆汁酸，对金黄色葡萄球菌等革兰氏阳性菌有强烈的抑制作用；
3.胆酸（CA）对于胃肠道革兰氏阴性菌的生长具有抑制作用。研究证明：梗阻性黄疸的小鼠肠道革兰氏阴性菌的数量增加近 100 倍；
4.脱氧胆酸（DCA）可以破坏细菌的细胞膜，使细胞完整性受损，进而抑制细菌的生长，甚至造成细菌细胞死亡。人类医学研究证明：肝病变时，胆汁酸合成受阻，可以看到肠道内细菌过度生长、肠粘膜的通透性增加和肠粘膜免疫损伤等现象。
三、「胆汁酸」与「肠道菌群」的互作关系：
1. 胆汁酸是 G 蛋白偶联胆汁酸受体（TGR5）、核激素受体—法尼醇 X 受体（FXR）及维 X 受体（RXR）的配体；FXR 既是胆汁酸核受体，在维持正常脂类代谢和控制炎症反应方面发挥重要作用；
2.肠道菌群可将肝脏合成的胆汁酸代谢生成非结合胆汁酸及次级胆汁酸，促进胆汁酸受体 FXR、RXR、TGR5 的活化；
3.胆汁酸可调节肠道菌群的组成，而肠道菌群可调节胆汁酸库的容量及组成；
4.破坏胆汁酸-菌群互作可促进炎症及胃肠道疾病表型；
5.肠道菌群通过 FXR、RXR、TGR5 调节胆汁酸代谢，并且参与有关胆汁酸合成、代谢和重吸收的基因表达；胆汁酸在脂质平衡、碳水化合物代谢、胰岛素敏感性及先天性免疫中发挥重要作用。
